Les fouilles dans les ports antiques de la Gaule méditerranéenne ont été ici relativement limitées et ont porté surtout sur des implantations coloniales, soit grecques, comme Massalia, soit romaines, comme Narbonne ou Toulon. Le port de Lattara est l'un des seuls concernant une agglomération littorale indigène, bien qu'ici aussi, l'essentiel des vestiges conservés appartiennent à l'époque romaine.

Les plus anciennes structures portuaires reconnues remontent à la fin du IIIe av. n. è. : il s'agit d'un quai en grand appareil délimitant une terrasse triangulaire entre la lagune et l'enceinte protohistorique, devant les portes P1 et P2 . Cette vaste terrasse était probablement destinée à accueillir et traiter les marchandises débarquées sur le port ou en instance d'embarquement. Aux structures protohistoriques, on peut ajouter la tour monumentale T1 qui borde la terrasse au nord-est, et qui, vu sa hauteur, a dû servir de phare tout au long du deuxième âge du Fer.

Au IIe s. la terrasse portuaire est protégée par un épais avant-mur, percé d'une large porte par laquelle passait la rue desservant le port (rue 130) . Plusieurs hangars sont aménagés progressivement jusqu'à la fin du Ier s. av. n. è., période pendant laquelle un projet planifié est mis en place, associant des débarcadères, des structures de stockage de vin en vrac et un phare d'alignement muni d'un grand foyer entouré par quatre piliers .

Entre 75 et 225 de n. à., on assiste à un réaménagement des espaces existants, lié à une modification, sinon de la nature du moins du mode de conditionnement des marchandises. Des activités commerciales semblent se dérouler jusqu'à la fin du IIIe s. alors que, pour cette période, les fouilles réalisées intra-muros ne livrent que très peu de documents : d'où l'hypothèse que le port de Lattara ait survécu à la cité.